เมื่อวันศุกร์ แรม 9 ค่ำ เดือน 12 ตรงกับวันที่ 19 พฤศจิกายน พ.ศ. 2429 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวโปรดให้นิมนต์ท่านไปเป็นเจ้าอาวาสวัดราชาธิวาส และได้ปกครองวัดนี้ตราบจนมรณภาพ[2] นอกจากนี้ในปี พ.ศ. 2448 ท่านยังได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าคณะใหญ่คณะกลาง จนเมื่อพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงพระดำริว่าท่านชราและทุพพลภาพมากจนไม่อาจปฏิบัติหน้าที่ได้ จึงโปรดให้ท่านพ้นจากตำแหน่งเจ้าคณะใหญ่คณะกลาง แต่ยังดำรงสมณศักดิ์ ราชทินนาม นิตยภัต และฐานานุกรมตามเดิมสืบต่อไป[3]